A história envolve Eiji Shinjo logo após o torneio Toshinden que ninguém venceu. Uma Organizção interrompeu a luta final entre Gaia (o último chefe do primeiro jogo) e Eiji, enviando tropas especiais para arena. Gaia, um renegado desta organização, escapou após ferir mortalmente Chaos (um louco e vingativo lunático), que chefiava o ataque. Já Eiji partiu sem achar nenhuma informação sobre o paradeiro de seu irmão Sho (o outro personagem secreto de Toshinden 1) que estava desaparecido a muito tempo.

Agora, há uma notícia de que um misterioso lutador sobre-humano está caçando, um por um, todos os participantes do primeiro torneio, copiando os golpes dos adversários para serem usados contra eles mesmos. Com a ajuda de Kayin Amoh, seu amigo, Eiji parte para avisar os lutadores que restaram e para confirmar sua suspeita de que esta pessoa que está caçando os lutadores é realmente seu irmão.